Klarinettist, Sohn eines Ingenieurs, verlebte die Kindheit hauptsächlich in Bern und besuchte ab 1915 die Schulen in Aarau. Im Verlauf der Volksschulzeit erhielt er Klavierunterricht, gefolgt von einer Ausbildung als Cellist während seiner Bezirks- und Kantonsschuljahre bis zur Matura. Anregung dazu gab ihm sein Vater, ein vortrefflicher Cellospieler, der in zwei Liebhaberensembles mitwirkte. Durch einen Mückenstich zog sich Emil Wydler eine Blutvergiftung zu, die zum Verlust eines Auges und zu einer dauernden Versteifung des Hüft- und des Ellbogengelenkes führte. 1928 kam er nach Zürich, begann das Pharmaziestudium an der ETH und lernte 1929 Stocker Sepp kennen, dessen Musik ihn derart begeisterte, dass er bei ihm kurzerhand seine erste Klarinette erstand. Beeindruckt war er auch von Kasimir Geisser, der gleichzeitig in der Limmatstadt zu musizieren pflegte und dessen Spielweise er übernahm. Zur Absolvierung des Praktikums in einer Spitalapotheke weilte er darauf in Lausanne, wo er Klarinettenunterricht erhielt.
Als er sich für das Fachstudium wieder in Zürich aufhielt, trat er dem Studenten-Gesangs-Verein bei und begann 1933 mit dem Chemiestudenten und Schwyzerörgeler Luzius Schibler - dieser hatte ihn zuvor zur Volksmusik hingeführt - sowie dem Ingenieur und Bassisten Erwin Gregori unter dem Namen «Echo vom Matterhorn» Ländlermusik im Kreise der Singstudenten zu spielen.
Etwas später gesellten sich der Medizinstudent Heinz Brunner, 2. Klarinette, und der Rechtsstudent Emil Lapp, Akkordeon, dazu.
Als Schibler und Gregori von Zürich fortgezogen waren, besuchte Wydler, der 1933 das Staatsexamen abgelegt hatte, mehr und mehr die damaligen «Hochburgen» der Ländlermusik, namentlich das «Goldene Schäfli» und die «Gans». Hier half er bisweilen in den Kapellen Stocker, Geisser, Wild aus und sammelte dabei als künftiger Ländlermusikexperte praktische Erfahrungen. Denn in dieser Zeit fing er an, alten Tänzen nachzuforschen, sie niederzuschreiben und mechanisch aufzuzeichnen, um sie möglichst originalgetreu vor der Vergessenheit zu bewahren. Ebenso legte er den Grundstock zu seiner Sammlung alter 78-Touren-Schallplatten, die schliesslich auf über 2000 Stück anwachsen sollte.
Als er 1937 in Chur als Apotheker arbeitete, machte er seine entscheidende Bekanntschaft mit Josias Jenny, mit dem ihn bald nicht allein das gemeinsame Musizieren, sondern ebenso eine eifrige Sammeltätigkeit im Bereich der alten Bündner Volksmusik verband. Das Interesse beider galt besonders den Tänzen des verstorbenen Paul Kolleggers sowie jenen von Luzi Brüesch. 1938 holte er mit seiner «Studenten-Ländlerkapelle Zürich» unter Mitwirkung von Heinz Brunner, 2. Klarinette, Josias Jenny, Schwyzerörgeli, und Ernst Kunz, Bassgeige, am ersten Schweizerischen Ländlermusik-Wettspiel in der Zürcher Stadthalle auf Anhieb den 1. Preis. 1934 war Heinz Brunner zur Fortsetzung seines Studiums nach Bern übersiedelt, wo er zusammen mit Luzi Bergamin die «Studenten-Ländlerkapelle Bern» gründete. Als dieser sein Medizinstudium abgeschlossen hatte und aus der Bundesstadt weggezogen war, trat 1939 Wydler als 1. Klarinettist, neben Josias Jenny am Schwyzerörgeli, dieser Formation bei. Sie nannte sich fortan «Berner Ländlerquartett» gelegentlich auch «Bündner Ländlerquartett», und schliesslich «Berner Ländlerquintett», bis daraus nach dem Ausscheiden von Luzi Bergamin 1957 die Ländlerkapelle «Zoge am Boge» mit Wydler, Marthaler, Jenny usw. hervorging. Sowohl in der alten wie auch in der neuen Zusammensetzung bespielte Wydler Hunderte von Schallplatten der Marken «Kristall», «Ideal» und «Columbia» und wirkte bei ungezählten Radio- und Fernsehsendungen mit. Nachdem er 1944 das Doktorexamen bestanden hatte, erwarb er 1945 eine Apotheke in Seengen, wo er ab 1954 überdies den dortigen Jodlerklub und ab 1965 zudem jenen in Niederlenz, beide bis 1980, leitete. 1973 wurde er Mitglied des «Wynentaler-Ländlerquintetts» und 1978 übernahm er als Klarinettist die Leitung der Grossformation «Aarauer Schwyzerörgelifründe». Als Cellist wirkte er ausserdem in der dem Appenzellerstil nahestehenden «Schürmüli-Musig» mit. Sehr oft stellte er sich als Musikant zusammen mit Josias Jenny auch in den Dienst verschiedener Trachtentanz-Vereinigungen. Neben seinen 20 Eigenkompositionen schuf er vorab Bleibendes als Publizist und Kritiker im Bereich der hiesigen Volkstanzmusik, darunter eine Menge von Beiträgen und Abhandlungen, wie jene umfangreiche Gesamtdarstellung, die das Heft 2175 der Zeitschrift «Heimatleben» der Schweizerischen Trachtenvereinigung enthält. Gleich seinem Kollegen und Mitstreiter Dr. Heinz Brunner sah er sich seit seiner Studienzeit als Bewahrer und Förderer der echten, unverfälschten und vom Untergang bedrohten Volkstanzmusik, ohne sich jedoch anderen Musikarten zu verschliessen. Er lebte zuletzt in Boniswil.